20世紀(jì)90年代，珠江委與回歸前的澳門政府就合作開展了《珠江河口澳門附近水域綜合治理規(guī)劃》編制工作，為澳門回歸后依照“一國兩制”合作管理水域打下了良好基礎(chǔ)。

澳門回歸后，珠江委進(jìn)一步提升了與澳門有關(guān)方面的合作力度。按照水利部工作部署，珠江委2014年承擔(dān)了澳門水域管理范圍劃定研究工作，從珠江河口泄洪納潮的角度提出了劃定方案及加強(qiáng)澳門附近水域管理的建議，為國務(wù)院明確澳門特區(qū)管理的水域和陸界范圍提供了決策支撐，也為水利部與澳門特區(qū)政府正式簽署“澳門附近水域水利事務(wù)管理的合作安排”提供了支持。

2016年，水利部與澳門特區(qū)政府簽署合作安排。根據(jù)合作安排，珠江委與澳門特別行政區(qū)政府各有關(guān)部門成立的“澳門附近水域水利事務(wù)管理聯(lián)合工作小組”先后召開了5次工作會議，共同協(xié)商澳門附近水域水利事務(wù)，雙方在枯水期水量調(diào)度、澳門附近水域水質(zhì)共同監(jiān)測、澳門附近水域規(guī)劃及水域開發(fā)利用和保護(hù)、澳氹第四條跨海大橋建設(shè)、防汛防臺風(fēng)預(yù)報(bào)預(yù)警信息共享、大藤峽水利樞紐建設(shè)、粵港澳大灣區(qū)水安全保障規(guī)劃等方面進(jìn)行了廣泛深入的交流合作，澳門附近水域水利事務(wù)管理取得實(shí)效。

珠江委一直高度重視并支持澳門特區(qū)重大水利基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)，從維護(hù)澳門附近水域安全角度，按照澳門附近水域水利事務(wù)管理合作安排，及時(shí)對有關(guān)重大工程提出優(yōu)化建議和技術(shù)意見，為澳門各項(xiàng)涉水基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)提供技術(shù)支撐，促進(jìn)澳門深度融入國家“一帶一路”發(fā)展戰(zhàn)略和粵港澳大灣區(qū)建設(shè)。

一是積極協(xié)助澳門特區(qū)政府組織開展澳門海域利用與發(fā)展中長期規(guī)劃，從珠江河口整體泄洪安全、水生態(tài)環(huán)境保護(hù)等方面對規(guī)劃成果提出意見，確保海域利用方案的科學(xué)性。二是加強(qiáng)技術(shù)交流合作，為澳門特區(qū)水利事務(wù)提供咨詢服務(wù)。雙方先后就澳門機(jī)場擴(kuò)建工程、澳氹第四條跨海大橋等十余項(xiàng)涉水項(xiàng)目建設(shè)開展技術(shù)討論，提出技術(shù)優(yōu)化建議，為推進(jìn)工程建設(shè)奠定了基礎(chǔ)。

此外，委屬單位還利用技術(shù)優(yōu)勢為澳門各部門開展多項(xiàng)技術(shù)咨詢，為澳門特區(qū)解決各類涉水問題。

大藤峽水利樞紐是國務(wù)院批復(fù)的珠江流域關(guān)鍵控制性工程，具有不可替代的防洪和水資源配置效益，地理位置優(yōu)越，可將三角洲的調(diào)水流程由7天縮短到3天，同時(shí)大藤峽工程還具有壓咸補(bǔ)淡流域水資源調(diào)配的興利庫容，使得水資源調(diào)度更加靈活高效，供水保證率大幅度提高，大大提升對澳供水安全保障能力。

為促進(jìn)大藤峽工程立項(xiàng)，自2005年實(shí)施珠江壓咸補(bǔ)淡應(yīng)急調(diào)水后，澳門特區(qū)有關(guān)代表多次在全國人大和政協(xié)會議上呼吁采取措施抵御咸潮、保障澳門優(yōu)質(zhì)供水，積極推動(dòng)大藤峽工程項(xiàng)目立項(xiàng)實(shí)施。

2009年11月26日，澳門港務(wù)局、珠江委雙方簽署合作協(xié)議書，澳門特區(qū)政府向珠江委無償援助8億元，專項(xiàng)用于大藤峽水利樞紐工程庫區(qū)移民安置、水土保持和環(huán)境治理等公益性建設(shè)，這是澳門特區(qū)政府成立以來首次援助建設(shè)內(nèi)地水利工程，得到了中聯(lián)辦、國務(wù)院港澳辦的充分肯定，對工程立項(xiàng)和建設(shè)也起到了較大的促進(jìn)作用。

澳門特區(qū)政府各有關(guān)部門和社會各界十分關(guān)注大藤峽工程建設(shè)推進(jìn)情況。大藤峽工程動(dòng)工后，珠江委每年向澳門特區(qū)政府通報(bào)工程建設(shè)情況和贈款使用情況，澳門運(yùn)輸工務(wù)司、澳門商報(bào)國際傳媒集團(tuán)、澳門婦女聯(lián)合總會等有關(guān)單位以及澳門優(yōu)秀青少年學(xué)生團(tuán)隊(duì)累計(jì)到大藤峽工程考察10批次。2019年3月30日，“同心同源貴澳文化交流基地”在大藤峽公司正式掛牌，為澳門和廣西貴港文化交流合作搭建了全新平臺。

2000年以來，受供水量增加、來水連年偏枯和河床下切影響，珠江河口咸潮上溯日益嚴(yán)重，直接影響澳門、珠海等珠江三角洲地區(qū)1500萬人供水安全。2005年開始，珠江委連續(xù)16年成功組織實(shí)施珠江壓咸補(bǔ)淡應(yīng)急調(diào)水和珠江枯水期水量調(diào)度，有效保障了澳門、珠海等三角洲地區(qū)供水安全，為澳門地區(qū)長期繁榮穩(wěn)定和“一國兩制”方針落實(shí)提供了水安全支撐，得到了澳門社會各界的充分肯定和高度評價(jià)。據(jù)統(tǒng)計(jì)，珠江枯水期水量調(diào)度期間，澳門、珠海累計(jì)從河道取水23.01億立方米，其中向澳門供優(yōu)質(zhì)原水4.55億立方米。

應(yīng)急調(diào)水只能解一時(shí)之渴，2006年應(yīng)急調(diào)水結(jié)束后，珠江委開始謀劃解決澳門供水安全的長效機(jī)制。珠江委組織編制了《保障澳門、珠海供水安全專項(xiàng)規(guī)劃》，于2008年獲國務(wù)院批準(zhǔn)，采取近期與遠(yuǎn)期、工程措施與非工程措施相結(jié)合的方式，擬定了分期實(shí)施目標(biāo)：至2010年，在加強(qiáng)節(jié)水、防污治污、完善當(dāng)?shù)毓┧�系統(tǒng)等基礎(chǔ)上，通過流域水資源統(tǒng)一調(diào)度，基本解決澳門、珠海供水安全問題；至2020年，在全面建設(shè)節(jié)水防污型社會的同時(shí)，通過完善以大藤峽等水庫為主的流域水資源配置工程體系和水資源調(diào)度管理機(jī)制等措施，繼續(xù)完善當(dāng)?shù)毓┧�系統(tǒng)，有效解決澳門、珠海供水安全問題。目前，規(guī)劃提出的各項(xiàng)措施已基本付諸實(shí)施。

為貫徹落實(shí)國務(wù)院頒布的《粵港澳大灣區(qū)發(fā)展規(guī)劃綱要》，按照水利部工作部署，珠江委組織編制了《粵港澳大灣區(qū)水安全保障規(guī)劃》，對保障澳門供水安全作出安排，提出了加強(qiáng)對澳供水基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)、流域水資源保護(hù)、流域骨干水工程聯(lián)合調(diào)配等措施，為粵港澳大灣區(qū)高質(zhì)量發(fā)展提供堅(jiān)實(shí)的水安全保障。

2008年，珠江委與澳門特別行政區(qū)政府工務(wù)運(yùn)輸司港務(wù)局簽訂了合作協(xié)議書，雙方在保障澳門特區(qū)供水安全、洪潮安全、水資源配置、節(jié)水型社會建設(shè)、水生態(tài)環(huán)境保護(hù)和海岸帶整治等領(lǐng)域組織開展了大量的科學(xué)研究，為澳門特區(qū)解決各類涉水問題提供技術(shù)支撐和服務(wù)。

2016年以來，珠江委協(xié)助澳門特區(qū)政府編制防災(zāi)減災(zāi)十年規(guī)劃，協(xié)助指導(dǎo)澳門內(nèi)港海傍區(qū)水患治理。2017年澳門遭受“天鴿”“帕卡”臺風(fēng)重創(chuàng)后，應(yīng)澳門特區(qū)政府邀請，珠江委兩次派員參加國家減災(zāi)委專家組，協(xié)助澳門總結(jié)評估“8·23風(fēng)災(zāi)”及檢視完善重大災(zāi)害應(yīng)變總體計(jì)劃。珠江委專家主要負(fù)責(zé)水患災(zāi)害的評估和防治措施建議，相關(guān)成果納入國家減災(zāi)委專家組《澳門“天鴿”臺風(fēng)災(zāi)害評估總結(jié)及優(yōu)化澳門應(yīng)急管理體制建議》。

為根治澳門內(nèi)港海旁區(qū)的水患問題，珠江委指導(dǎo)委屬單位開展內(nèi)港海旁區(qū)防洪潮排澇總體方案研究和灣仔水道擋潮閘方案設(shè)計(jì)工作，并積極與有關(guān)方面協(xié)調(diào)，為解決澳門水患提供堅(jiān)實(shí)的技術(shù)支撐。

近年來，珠江委和澳門有關(guān)部門積極搭建平臺，促進(jìn)雙方科技人員的交流和合作。珠江委邀請澳門政府及科技人員參加中國-東盟河口治理保護(hù)與管理研討會、東盟地區(qū)論壇臺風(fēng)災(zāi)害防御與減災(zāi)對策研討會和“東亞峰會河口海岸治理保護(hù)與管理研討”，同時(shí)，珠江委派代表參加澳門海洋管理、利用及發(fā)展國際研討會，共同探討解決澳門涉水問題方略。

隨著《粵港澳大灣區(qū)發(fā)展規(guī)劃綱要》的頒布實(shí)施，珠江委將聯(lián)合國內(nèi)外先進(jìn)的科研力量，積極探索與港澳有關(guān)單位聯(lián)合成立水利科技創(chuàng)新平臺，實(shí)現(xiàn)聯(lián)合攻關(guān)、技術(shù)創(chuàng)新，促進(jìn)科技成果轉(zhuǎn)化，以水利科技支撐粵港澳大灣區(qū)建設(shè)。