廣西防城港北投水務有限公司是廣西北部灣水務集團有限公司控股子公司。2009年3月3日，防城港市人民政府與廣西北部灣投資集團有限公司簽訂《防城港企沙工業(yè)區(qū)水務一體化項目投資與合作框架協(xié)議》，由防城港市人民政府指定防城港市城市建設投資責任公司（現(xiàn)更名為防城港市城市投資發(fā)展集團有限公司）與廣西北部灣投資集團有限公司共同出資組建廣西防城港北投水務有限公司；2009年4月29日，廣西防城港北投水務有限公司正式注冊成立，注冊資本1000萬元，廣西北部灣投資集團占出資比例55%，防城港市城市建設投資有限責任公司占出資比例45%；2013年4月，公司第一次臨時股東會決議決定以2013年1月1日作變更基準日，將廣西北部灣投資集團的全部股權變更為廣西北部灣水務集團有限公司持有；2016年7月5日，公司注冊資本變更為39019.89萬元，廣西北部灣水務集團占出資比例57%，防城港市城市建設投資有限責任公司占出資比例43%。

2014年8月，廣西防城港北投水務有限公司整合了由廣西北部灣水務集團有限公司控股的防城港市群峰水利供水有限公司（水務集團占股75%）；2016年5月，整合了由廣西北部灣水務集團有限公司控股的防城港市億港自來水有限公司（水務集團占股99%），內部實現(xiàn)人員、業(yè)務一體化管理。根據(jù)廣西北投環(huán)保水務集團有限公司深化機構改革需要，2020年12月28日，經(jīng)市場監(jiān)督部門核準登記，原直屬企業(yè)“防城港市億港自來水有限公司”正式更名為“廣西防城港北投環(huán)保水務有限公司”。