本院歷史可追溯到1933年，前身為中國最早的水利科學(xué)研究機(jī)構(gòu)—中國第一水工試驗(yàn)所，幾經(jīng)變遷，于1958年經(jīng)國務(wù)院規(guī)劃委員會(huì)批準(zhǔn)，將國內(nèi)多家水利水電科研單位合并，組建了水利水電科學(xué)研究院，1994年經(jīng)國家科委批準(zhǔn)更名為中國水利水電科學(xué)研究院，2000年水利部牧區(qū)水利科學(xué)研究院和水利部電力工業(yè)部機(jī)電研究所并入我院。現(xiàn)任院長匡尚富，歷任院長有張子林、張光斗、林秉南、張澤禎、楊德曄、陳炳新、梁瑞駒、高季章。先后擁有中國科學(xué)院和中國工程院院士13人，現(xiàn)有院士6人分別是中國科學(xué)院院士陳祖煜，中國工程院院士朱伯芳、陳厚群、王浩、繆昌文、胡春宏；已故院士7人分別是中國科學(xué)院和中國工程院兩院院士張光斗、林秉南，中國科學(xué)院院士黃文熙、錢寧、汪聞韶，中國工程院院士陳志愷、韓其為。

歷經(jīng)幾十年的發(fā)展，本院已建設(shè)成為人才優(yōu)勢明顯、學(xué)科門類齊全的國家級綜合性水利水電科學(xué)研究和技術(shù)開發(fā)中心。截止2020年底，全院在職職工1328人，其中包括碩士以上學(xué)歷942人（博士561人）、副高級以上職稱894人，是科技部“創(chuàng)新人才培養(yǎng)示范基地”。現(xiàn)有13個(gè)非營利研究所、4個(gè)科技企業(yè)、1個(gè)綜合事業(yè)和1個(gè)后勤企業(yè)，擁有4個(gè)國家級研究中心、9個(gè)部級研究中心，1個(gè)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、2個(gè)部級重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。研究領(lǐng)域已覆蓋水文水資源、水環(huán)境與生態(tài)、防洪抗旱與減災(zāi)、泥沙與水土保持、農(nóng)村水利、水力學(xué)、巖土工程、水工結(jié)構(gòu)與材料、工程抗震、水力機(jī)械與機(jī)電、自動(dòng)化、工程監(jiān)測與檢測、新能源、遙感技術(shù)及應(yīng)用、水利史與水文化、牧區(qū)水利等18個(gè)學(xué)科、93個(gè)專業(yè)方向。具有工程咨詢單位甲級資信證書（水利水電、電力（含火電、水電、核電、新能源）、生態(tài)建設(shè)和環(huán)境工程）、水文水資源調(diào)查評價(jià)甲級資質(zhì)證書、水資源論證甲級資質(zhì)證書、生產(chǎn)建設(shè)項(xiàng)目水土保持監(jiān)測單位水平評價(jià)證書（5星）、生產(chǎn)建設(shè)項(xiàng)目水土保持方案編制單位水平評價(jià)證書（5星）、水利工程質(zhì)量檢測單位甲級資質(zhì)證書（巖土類、混凝土工程類、量測類、機(jī)械電氣類）、水利工程建設(shè)市場主體信用評價(jià)AAA等級（質(zhì)量檢測類、咨詢類、供貨類）、文物保護(hù)工程勘察設(shè)計(jì)甲級資質(zhì)等證書，通過了國家計(jì)量認(rèn)證、ISO9001質(zhì)量管理體系認(rèn)證等，被遴選為國家發(fā)改委、北京市政府固定資產(chǎn)投資項(xiàng)目咨詢評估機(jī)構(gòu)以及水利部水利水電建設(shè)工程蓄水安全鑒定、大中型水閘安全評價(jià)和水土保持設(shè)施驗(yàn)收技術(shù)評估單位。

本院擁有4個(gè)國家級中心分別為國家節(jié)水灌溉北京工程技術(shù)研究中心、國家農(nóng)業(yè)灌排設(shè)備質(zhì)量監(jiān)督檢驗(yàn)中心、國家水電可持續(xù)發(fā)展研究中心和國家能源水能高效利用與大壩安全技術(shù)研發(fā)中心；9個(gè)部級中心分別為水利部防洪抗旱減災(zāi)工程技術(shù)中心、水利部水資源與水生態(tài)工程技術(shù)研究中心、水利部水土保持生態(tài)工程技術(shù)研究中心、水利部水環(huán)境監(jiān)測評價(jià)研究中心、水利部遙感技術(shù)應(yīng)用中心、水利部草地水土保持生態(tài)研究中心、水利部水工程抗震與應(yīng)急支持工程技術(shù)研究中心、水利遺產(chǎn)保護(hù)與研究國家文物局重點(diǎn)科研基地、水利部江河水利志收藏館。建有1個(gè)國家級重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室為流域水循環(huán)模擬與調(diào)控國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，2個(gè)部級重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室分別為水利部水工程建設(shè)與安全重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室和水沙科學(xué)與江河治理重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，另有36個(gè)專業(yè)實(shí)驗(yàn)室，配備大型高速水流減壓箱、大型三向六自由度模擬地震振動(dòng)臺、離心模擬試驗(yàn)機(jī)、水力機(jī)械模型通用試驗(yàn)臺、水質(zhì)色譜-質(zhì)譜聯(lián)機(jī)儀等許多在規(guī)模和性能方面均位于國內(nèi)外前列的重要儀器設(shè)備，以及一大批自主開發(fā)的水利水電計(jì)算機(jī)軟件和大型高性能的并行計(jì)算平臺，為科學(xué)研究創(chuàng)造了優(yōu)良的科研條件。

多年來，本院主持承擔(dān)了一大批國家級重大科技攻關(guān)項(xiàng)目和省部級重點(diǎn)科研項(xiàng)目，承擔(dān)了國內(nèi)幾乎所有重大水利水電工程關(guān)鍵技術(shù)問題的研究任務(wù)，還在國內(nèi)外開展了一系列的工程技術(shù)咨詢、評估和技術(shù)服務(wù)等科研工作。全院科研事業(yè)穩(wěn)步發(fā)展，研究取得了一大批原創(chuàng)性、突破性科研成果。截止2020年底，全院共獲得省部級以上科技進(jìn)步獎(jiǎng)勵(lì)886項(xiàng)，其中國家級獎(jiǎng)勵(lì)104項(xiàng)；主編或參編國家和行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)458項(xiàng)。

本院在國際水利水電舞臺也占有十分重要的地位，是聯(lián)合國教科文組織和中國政府合屬的國際泥沙研究培訓(xùn)中心的掛靠單位，也是世界泥沙研究學(xué)會(huì)、世界水土保持學(xué)會(huì)、國際水利與環(huán)境工程學(xué)會(huì)、國際洪水管理大會(huì)、國際大壩委員會(huì)、國際灌排委員會(huì)、全球水伙伴、國際水電協(xié)會(huì)、亞洲河流生態(tài)修復(fù)網(wǎng)絡(luò)9個(gè)大型國際學(xué)術(shù)組織或會(huì)議機(jī)制總部及中國委員會(huì)秘書處的掛靠單位，先后有10余位專家在國際組織內(nèi)擔(dān)任榮譽(yù)主席、副主席、秘書長等重要職務(wù)，與國外近40余家科研機(jī)構(gòu)、知名大學(xué)、國際組織和企業(yè)簽訂了長期合作協(xié)議，建立了固定的合作交流機(jī)制。

從20世紀(jì)50年代起，本院就開始研究生的培養(yǎng)，是國務(wù)院學(xué)位辦首批授予的“水利工程”一級學(xué)科培養(yǎng)單位，中組部指定的水利系統(tǒng)唯一承擔(dān)“西部之光”訪問學(xué)者的培養(yǎng)單位，設(shè)有2個(gè)一級學(xué)科博士后流動(dòng)站和8個(gè)博士和碩士學(xué)位授予專業(yè)，分別為巖土工程、水文學(xué)及水資源、水力學(xué)及河流動(dòng)力學(xué)、水工結(jié)構(gòu)工程、水利水電工程、水環(huán)境學(xué)、水信息學(xué)、水災(zāi)害與水安全。2018年獲得國際學(xué)生招收資質(zhì)。截止2020年底，本院共有研究生導(dǎo)師261人，其中博士生導(dǎo)師89人、碩士生導(dǎo)師172人。1978年恢復(fù)招生以來，累計(jì)招收培養(yǎng)了博士、碩士研究生以及博士后2056人，“西部之光”訪問學(xué)者90人。

本院提出了“到2020年進(jìn)入世界一流科研院的行列，到2035年進(jìn)入世界一流科研院的前列，到2050年成為引領(lǐng)世界水利水電科技的排頭兵”的總體發(fā)展目標(biāo)。我們將面向世界科技前沿、面向經(jīng)濟(jì)主戰(zhàn)場、面向國家需求，堅(jiān)持“123456”總體發(fā)展思路，銳意進(jìn)取、攻堅(jiān)克難、勇攀高峰，奮力加快水利水電科技創(chuàng)新，切實(shí)加強(qiáng)科技供給與服務(wù)，為推動(dòng)水利水電跨越發(fā)展提供有力支撐，為建設(shè)世界水利水電科技強(qiáng)國貢獻(xiàn)應(yīng)有力量。