環(huán)境學(xué)院已有40多年的辦學(xué)歷史，前身可追溯到1978年經(jīng)水利部批準(zhǔn)設(shè)立的環(huán)境水利科學(xué)研究所。1986年在農(nóng)田水利系招收環(huán)境工程專業(yè)本科生，1988年成立環(huán)境工程系，1994年成立環(huán)境科學(xué)及工程學(xué)院，1995年與水資源水文系合并成立水文水資源及環(huán)境學(xué)院，2002年獨(dú)立設(shè)置環(huán)境科學(xué)與工程學(xué)院，2009年更名為環(huán)境學(xué)院。學(xué)院設(shè)有環(huán)境工程系、環(huán)境科學(xué)系、環(huán)境生態(tài)工程系、市政工程系、化學(xué)中心、實(shí)驗(yàn)中心、水資源保護(hù)與生態(tài)修復(fù)研究所、現(xiàn)代水處理技術(shù)研究所、水環(huán)境模擬與生態(tài)水力學(xué)研究所、環(huán)境規(guī)劃與評價研究所、固體廢棄物處理及資源化循環(huán)利用研究所、環(huán)境化學(xué)研究所、水污染控制研究所、污水資源化與低碳發(fā)展技術(shù)研究所、環(huán)境微生物研究所、環(huán)境水利科學(xué)研究所等機(jī)構(gòu)。淺水湖泊綜合治理與資源開發(fā)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室和教育部“流域水環(huán)境綜合治理與生態(tài)修復(fù)”學(xué)科創(chuàng)新引智基地掛靠我院建設(shè)與管理。2018年，河海大學(xué)環(huán)境新材料研究中心、河海大學(xué)農(nóng)田污染防控研究中心成立并掛靠學(xué)院建設(shè)管理。2019年，江蘇省城鄉(xiāng)飲用水安全保障工程研究中心成立并掛靠學(xué)院建設(shè)管理；2020年，江蘇省農(nóng)業(yè)農(nóng)村污染防控與治理工程技術(shù)研究中心成立并掛靠學(xué)院建設(shè)管理。

學(xué)院環(huán)境科學(xué)與工程學(xué)科是首批國家“雙一流”建設(shè)學(xué)科，在第四輪學(xué)科評估中評估為A類，全國排名第8，并入選江蘇高校優(yōu)勢學(xué)科建設(shè)項(xiàng)目。 環(huán)境工程為國家重點(diǎn)（培育）學(xué)科和江蘇省重點(diǎn)學(xué)科。2019年，學(xué)院環(huán)境工程和給排水科學(xué)與工程兩個本科專業(yè)入選首批“雙一流專業(yè)”計(jì)劃國家級一流本科專業(yè)點(diǎn)。2020年，環(huán)境科學(xué)專業(yè)入選國家一流本科專業(yè)建設(shè)點(diǎn)。2022年，環(huán)境科學(xué)與工程學(xué)科再次入選國家“雙一流”建設(shè)學(xué)科。學(xué)院現(xiàn)有5個本科專業(yè)、4個碩士學(xué)位授予權(quán)、1個一級學(xué)科博士學(xué)位授予權(quán)、4個二級學(xué)科博士學(xué)位授予權(quán)，設(shè)有環(huán)境科學(xué)與工程一級學(xué)科博士后流動站。目前，在校本科生1100余名，博士、碩士研究生700余名，外國留學(xué)生100余名。

學(xué)院現(xiàn)有教職工112名，其中：中國工程院院士1名。學(xué)院現(xiàn)有教授（含研究員）44名，副教授（含副研究員）27名。學(xué)院擁有博士生導(dǎo)師39名、碩士生導(dǎo)師36名，專任教師中具有博士學(xué)位比例100%，形成了良好的可持續(xù)發(fā)展學(xué)術(shù)研究團(tuán)隊(duì)。

近五年來，學(xué)院深入開展學(xué)科建設(shè)、教育教學(xué)改革和科學(xué)研究，形成以流域環(huán)境演變與生態(tài)安全、河湖綜合治理與修復(fù)、農(nóng)業(yè)農(nóng)村污染防控與治理、環(huán)境新材料、環(huán)境微生物、土壤污染治理為特色的科學(xué)研究、人才培養(yǎng)和觀測實(shí)驗(yàn)基地。學(xué)院先后承擔(dān)了國家973、863、國家自然科學(xué)基金重點(diǎn)項(xiàng)目、國家重大水專項(xiàng)和省部級直接服務(wù)于國家經(jīng)濟(jì)建設(shè)的重大科研任務(wù)等200余項(xiàng)。部分研究成果處于國際先進(jìn)和國內(nèi)領(lǐng)先水平，獲得包括國家科技進(jìn)步一等獎、國家自然科學(xué)二等獎、國家技術(shù)發(fā)明二等獎、國家科技進(jìn)步二等獎、大禹水利科學(xué)技術(shù)發(fā)明特等獎等國家級、省部級以上科技獎勵40余項(xiàng)，出版專著與教材30余部。學(xué)院年均科研經(jīng)費(fèi)4000余萬元，發(fā)表高水平科研論文100余篇，授權(quán)國家發(fā)明專利80余項(xiàng)。目前，環(huán)境學(xué)院正以良好的態(tài)勢迅猛發(fā)展，在國內(nèi)外具有鮮明的學(xué)科優(yōu)勢和廣泛影響力。