中心內設領導崗位6個，1正5副，下設14個部門。中心實有員工350余人（其中事業(yè)在崗職工73人），博士14人，碩士68人；正高級工程師16名、高級工程師86名。中心注重高層次專業(yè)技術人才隊伍建設，現(xiàn)有國家環(huán)境監(jiān)測尖端人才1人，一流專家9人，技術骨干20人；浙江省“新世紀151人才”8人，浙江省職業(yè)技能帶頭人1人。

中心技術力量雄厚，環(huán)境監(jiān)測能力居于全國前列，2014年通過國家監(jiān)測站標準化建設整體驗收，是全國第二個整體通過驗收的省份。中心擁有液相色譜-質譜儀、氣相色譜-質譜儀等各類大型儀器設備430臺套，應急監(jiān)測車3輛，固定資產值原值4.06億元。中心建有全國最為完善的環(huán)境自動監(jiān)測系統(tǒng)，其中水質自動監(jiān)測站155個、環(huán)境空氣質量自動監(jiān)測站171個，飲用水源地水質自動監(jiān)測站88個，環(huán)境自動監(jiān)測數(shù)據(jù)實時對外發(fā)布。中心建有全國領先的環(huán)境空氣預報預警系統(tǒng)，在G20、世界互聯(lián)網(wǎng)大會等重大活動空氣質量保障中發(fā)揮了重要的作用。中心通過國家計量認證和實驗室認可，項目涉及12大類486項。此外，中心還建有生態(tài)毒理實驗室和二噁英實驗室（國家二噁英監(jiān)測中心華東分中心），是中國環(huán)境監(jiān)測總站首批生態(tài)地面監(jiān)測重點站和國家環(huán)境標準樣品研究所有機標準物質定值實驗室。

中心主要承擔各類生態(tài)環(huán)境監(jiān)測、科研、咨詢等工作，滿足政府、企業(yè)等社會各方對服務性環(huán)境監(jiān)測與咨詢的需求，為環(huán)境管理制度創(chuàng)新提供科學決策依據(jù)，為污染治理行動實施提供技術服務，為各項年度工作考核提供客觀的評價，充分發(fā)揮了“眼睛”、“耳朵”的作用，為浙江省環(huán)境保護工作、生態(tài)文明建設作出了積極貢獻。