譜尼生物醫(yī)藥與中國科學(xué)院上海藥物所有著廣泛的合作，近日，譜尼生物醫(yī)藥聯(lián)合中國科學(xué)院上海藥物研究所共同推出D3CARP靶標(biāo)預(yù)測及虛擬篩選項目。藥物篩選中人工智能技術(shù)的引入，可極大提高整個藥物研發(fā)流程的運行效率，協(xié)助藥企開發(fā)更高質(zhì)量的藥物，進一步增強藥企的產(chǎn)業(yè)競爭優(yōu)勢。靶標(biāo)預(yù)測：
針對某個小分子化合物，采用分子對接方法、配體相似性搜索方法和深度學(xué)習(xí)模型共三種方法進行靶標(biāo)預(yù)測，其中分子對接方法包含9352個對接模型、配體相似性搜索包含3836個靶標(biāo)、深度學(xué)習(xí)模型包含5901個靶標(biāo)。根據(jù)要求，可分別報告前100個最可能的預(yù)測靶標(biāo)或排名前1%的最可能預(yù)測靶標(biāo)，并提供分子對接獲得的最優(yōu)結(jié)合構(gòu)象及陽性化合物的結(jié)合模式。
虛擬篩選：
根據(jù)用戶提供的小分子化合物結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)和目標(biāo)靶標(biāo)信息，可遴選D3CARP平臺中分子對接方法、配體相似性搜索方法或深度學(xué)習(xí)模型方法，開展虛擬篩選，報告虛擬篩選結(jié)果并提供分子對接預(yù)測的復(fù)合物結(jié)構(gòu)信息及陽性化合物的結(jié)合模式。靶標(biāo)預(yù)測與虛擬篩選將采用中國科學(xué)院上海藥物研究所整合了基于物理和數(shù)據(jù)驅(qū)動的計算方法，構(gòu)建的綜合性靶標(biāo)預(yù)測與虛擬篩選平臺D3CARP。平臺可以用于預(yù)測化合物的潛在作用靶標(biāo)，以及針對給定靶標(biāo)虛擬篩選活性化合物，相關(guān)成果發(fā)表在Computers in Biology and Medicine雜志上。
